在进行论文附录查重时，常见的问题包括附录内容是否符合学术规范、附录引用格式是否正确、附录内容是否原创等。针对这些问题，建议作者在编写附录时严格遵守学术规范，确保引用格式准确无误，同时保证附录内容的原创性。此外，可以利用查重软件辅助检测，及时发现并修改问题，以确保论文通过查重。

另外，一些作者在附录中可能存在抄袭其他文献的情况，或者附录内容与正文内容不一致的情况。针对这些问题，建议作者在编写附录时，要注重内容的独立性和一致性，避免抄袭他人作品，确保附录内容与正文内容相互呼应。同时，可以请同行或导师审阅附录部分，及时发现并纠正问题，确保论文附录的质量和原创性。